Les premiers spectacles de Jean-Marie Villégier sont différentes approches de La Tentation de saint Antoine de Flaubert dont il a fait plusieurs versions.

Metteur en scène invité à l’École Supérieure d’Art Dramatique du Théâtre National de Strasbourg, il y dirige plusieurs exercices : Amphitryon de Molière, La Place Royale et Sophonisbe de Corneille, Andromaque de Racine. Il y reviendra en 1987 pour travailler de larges extraits du Fidèle et des Tromperies de Pierre de Larivey.

Au début des années 80, Jean-Marie Villégier définit deux des lignes directrices qui vont durablement l’orienter : Corneille connu et inconnu (Nicomède et Sophonisbe) ; les contemporains de Corneille (Cinna et La Mort de Sénèque de Tristan L’Hermite).

Dans le même temps, il aborde le théâtre lyrique: La Cenerentola de Rossini, est son premier essai. Très vite, comme au théâtre, un domaine d’élection se précise : L’Incoronazione di Poppea de Monteverdi, Atys de Lully, Le Malade imaginaire de Molière et Marc-Antoine Charpentier, Médée de Marc-Antoine Charpentier, Hippolyte et Aricie de Rameau, Rodelinda de Haendel, Béatrice et Bénédict de Berlioz.

La plupart de ces spectacles seront présentés en tournée et feront l’objet de reprises. Atys (en 1989 et en 1992), Médée (1994) puis Hippolyte et Aricie (1997) franchiront l’Atlantique pour être affichés à la Brooklyn Academy de New York.

Dès 1985, Jean-Marie Villégier a fondé sa compagnie, L’Illustre Théâtre. L’Illustre-Théâtre intervient comme co-producteur dans la plupart de ses réalisations dramatiques : Dom Juan de Molière au Théâtre National de Lisbonne, Les Galanteries du duc d’Ossonne de Mairet, Le Fidèle de Larivey, La Répétition interrompue et La Fée Urgèle de Favart, Phèdre de Racine.

Peu après la création de Phèdre, Jean-Marie Villégier est nommé directeur du Théâtre National de Strasbourg en 1991. Son action vise à y renforcer les liens entre le théâtre et l’école. A renouer avec la tradition de la troupe. A maintenir une politique d’accueil très ouverte (tout spécialement aux théâtres est-européens). A nouer d’étroites relations entre théâtre, musique et danse. A explorer le répertoire français dans une perspective européenne (emprunts français aux théâtres italien, espagnol, anglais etc... ).

C’est ainsi qu’il inaugure la saison 92-93 par trois spectacles en hommage à Calderón : Les Innocents coupables de Brosse, La Magie sans magie de Lambert, Le Fantôme amoureux de Quinault - trois pièces directement influencées par le grand dramaturge du Siècle d’Or. Les élèves de troisième année, auxquels se joignent quelques professionnels chevronnés, en assurent l’interprétation.

Au cours de sa troisième et dernière saison au T.N.S., Jean-Marie Villégier présente, avec la troupe qu’il a engagée pour l’année, une reprise (Les Innocents coupables) et deux créations : La Troade de Garnier, L’Ile des Esclaves et La Colonie de Marivaux.

En 1994, son mandat à la direction du T.N.S. n’étant pas renouvelé, Jean-Marie Villégier est invité au Théâtre National de la Communauté Française de Belgique. Avec une distribution de jeunes comédiens belges, il y monte Le Menteur de Corneille, bientôt repris à l’Athénée Théâtre Louis-Jouvet, puis Sophonisbe que l’Athénée accueille en 1996.

En veilleuse durant les années strasbourgeoises, L’Illustre-Théâtre a rallumé ses feux en 1994. Avec l’Athénée Théâtre Louis Jouvet, il a co-produit Héraclius, Cosroès, puis L’Illusion comique en 1997. Avec l’Auditorium du Louvre, Médée de Corneille, puis Bradamante et Antigone de Garnier. En 1999, Jean-Marie Villégier crée Le Tartuffe à l’Opéra Royal du Château de Versailles, puis en 2001, Les Philosophes amoureux et Le Mariage de Le Trouhadec.

Les récentes mises en scène de Jean-Marie Villégier sont le fruit de sa collaboration avec Jonathan Duverger, Les Deux Trouvailles de Gallus de Victor Hugo, Les Joyeuses Commères de Windsor, l’Amour médecin et le Sicilien de Molière à la Comédie-Française, La Révolte, de Villiers de L’Isle-Adam et enfin, en 2007, Les Parenthèses orphelines de Danièle Sallenave.